Rescue
Noch vor der eigentlichen Konvertierung der Daten erstellt Truecrypt eine "Rescue Disk" an. Für den Fall dass einmal die Header-Informationen der verschlüsselten Platte beschädigt werden (etwa bei einem Virenbefall), soll sich so ein System dann mit der Rettungs-Disk - und der zugehörigen Passphrase, versteht sich - trotzdem booten lassen.
Test
Ebenfalls noch vor der Umwandlung des Filesystems führt Truecrypt einen "Pretest" durch. Bei diesem wird in einer Art Trockentest überprüft, ob das Einhängen der verschlüsselten Systemplatte auch korrekt funktioniert, in selten Fällen macht hier manchmal das BIOS Probleme.
Aufpassen
Truecrypt achtet bei der Einrichtung der "System Encryption" auch darauf, dass nicht unabsichtlich "hidden volumes" überschrieben werden. Auf Multi-Boot-Systeme nimmt man ebenso Rücksicht. Um ganz sicher zu gehen, dass auch keine der alten Daten nach der Konvertierung mehr eingesehen werden können, ist es auch möglich diese in mehreren Durchgängen zu "wipen". Dies soll dem Problem entgegenwirken, dass über den Restmagnetismus einer Platte theoretisch noch alte Datenbestände rekonstruiert werden können. Das Wipen bietet hier durch vielfaches Überschreiben mit zufälligen Daten Abhilfe, die Konvertierung dauert dann aber erheblich länger.
Start
Ist das System einmal gänzlich verschlüsselt, wird beim Hochfahren künftig immer nach der eigenen Passphrase gefragt, ohne diese ist hier bereits wieder Schluss mit dem Zugriff auf den betreffenden Rechner. Was Truecrypt im Bereich Systemverschlüsselung derzeit allerdings noch fehlt, ist die Möglichkeit ein externes Keyfile zur zusätzlichen Absicherung zu verwenden.