"Das trifft in keinster Weise zu", sagte Schmidbauer zu den Vorwürfen. "Es hat kein Wissen gegeben im Kanzleramt über diese Details, wohl aber hat es Wissen gegeben über Abflüsse aus dem Bundesnachrichtendienst", sagte der CDU-Politiker. Das sei ein gewaltiger Unterschied. Außerdem habe er weder Agenten angeworben noch übergeben. Das seien überhaupt nicht seine Aufgaben gewesen.
Das Blatt hatte unter Berufung auf ihren namentlich nicht genannten Informanten berichtet, Schmidbauer sei durch den damaligen Leiter der BND-Abteilung Sicherheit, Volker Foertsch, über alles genau informiert worden. Gerade Schmidbauer habe bei Foertsch Druck gemacht, undichte Stellen zu schließen. Zu diesem Zweck habe er unter anderem Foertsch den Journalisten Erwin Decker als Informanten empfohlen.
Innenminister Wolfgang Schäuble warnte davor, dass der BND wegen der Affäre seine Einsatzfähigkeit einbüßen könnte. "Wir erreichen irgendwann einen Punkt, an dem die Partnerdienste sagen: Gebt dem BND nichts, denn ihr könnt nicht sicher sein, ob es nicht eines Tages in der Zeitung steht", erklärte der CDU-Politiker.
Aus Sicht des Kanzleramtes darf die für Mittwoch geplante Veröffentlichung des Sonderberichts zur BND-Affäre nicht zum Vorbild für weitere Fälle von Geheimnisverrat werden. Kanzleramtsminister Thomas de Maiziere (CDU) sagte: "Eine Veröffentlichung wäre faktisch eine Belohnung derjenigen, die den Bericht illegalerweise an die Presse durchgestochen haben."
Außenminister Frank-Walter Steinmeier wies Vorwürfe zurück, der BND sei unter seiner Amtsführung als Kanzleramtsminister seiner Kontrolle entglitten. Als es 2005 erste Hinweise auf die Ausforschung von Journalisten gegeben habe, habe er sofort angeordnet, dass der BND intern untersuchte, welche Kontakte es zwischen dem Dienst und Journalisten gegeben habe. Der Bericht sei an das Parlamentarische Kontrollgremium gegangen und Grundlage dafür gewesen, dass dieses Gremium den ehemaligen Bundesrichter Gerhard Schäfer als Sonderermittler eingesetzt habe.
Nach einem Bericht der "Süddeutschen Zeitung" will die Bundesregierung als Konsequenz der Affäre die Vorschriften für den BND verschärfen. Die Änderungen sollen demnach bis Anfang Juni erarbeitet werden. Das Blatt beruft sich auf einen hohen Sicherheitsbeamten. "Es wird dann festgelegt werden, wer wen in welchem Falle und zu welchem Zeitpunkt informieren muss - bis hinauf zum Kanzleramt", wurde der Beamte zitiert. Die Bundesregierung ließ den Bericht unkommentiert.