Die RH-Prüfer empfehlen ein Abgehen von der Quotenregelung, welche die quotenmäßige Aufteilung der Offensivmittel auf Programme der drei Ministerien vorsieht. Stattdessen sollte der Wettbewerb jener Programme und Initiativen, die den höchsten Erfolg versprechen, in den Vordergrund gestellt werden.
Weitere Kritik
Kritisiert wird vom RH weiters, dass der Rat von den drei Ressorts "keine detaillierten Informationen über die Verwendung" von deren Budgets erhielt. Bemängelt wird auch die mangelnde Kooperation zwischen Bund und den Bundesländern zur Vermeidung von Doppelgleisigkeiten im Forschungsbereich. Diese hätten in verschiedenen Bereichen bestanden, "Mehrfachförderungen konnten daher nicht ausgeschlossen werden".
Hinsichtlich des vom Rat 2006 errechneten zusätzlichen Finanzbedarfs von rund 550 Mio. Euro, um bis 2010 das EU-Ziel einer Forschungsquote von drei Prozent zu erreichen, empfiehlt der RH dem Forschungsrat, "vor Bereitstellung weiterer Finanzmittel zu prüfen, ob die personellen und materiellen Ressourcen für eine derart rasche Expansion der Forschung in Österreich überhaupt vorhanden sind".