Der Reformbedarf ist auf beiden Seiten des Haushalts hoch, besonders dringlich aber auf der Einnahmenseite. Während nämlich auf der Ausgabenseite bereits im geltenden Finanzrahmen zumindest leichte Verschiebungen weg von den dominierenden Agrarausgaben hin zu Aufgaben für Forschung und Kohäsion initiiert worden sind, wurde das Finanzierungssystem der EU ein weiteres Mal in seinen Grundstrukturen unverändert gelassen.
Dabei besteht auf der Expertenebene weitgehende Einigkeit über die Defizite des bestehenden Systems. Die EU hat, da sie weder ein Verschuldungsrecht noch eine eigene Steuerhoheit hat, geringe Einnahmenautonomie. Diese hat überdies langfristig deutlich abgenommen hat, die "traditionellen" Eigenmittel verloren an Bedeutung. Diese Zölle - einschließlich Agrarzölle sowie Zuckerabgaben - machten Anfang der Achtzigerjahre noch die Hälfte und Anfang der Neunzigerjahre ein Viertel der EU-Eigenmittel aus. Bis 2013 wird ihr Anteil auf 13 Prozent zurückgehen.
Inzwischen sind nationale Finanzierungsbeiträge der Löwenanteil. Mit etwa drei Viertel wird der Großteil der EU-Einnahmen als für alle Mitgliedsländer einheitlicher Prozentsatz vom jeweiligen Bruttonationaleinkommen erhoben. Der Rest wird durch die Anwendung eines ebenfalls grundsätzlich einheitlichen Abrufsatzes auf die nationale Mehrwertsteuer-Bemessungsgrundlage ermittelt.
Diese Struktur geht mit mehreren Problemen einher. Das steigende Gewicht nationaler Beiträge erhöht die Streitanfälligkeit - Stichwort "Nettozahlerdebatte": Die erst nach langwierigen Verhandlungen und fast in letzter Minute im vergangenen Jahr erzielte Einigung über den geltenden Finanzrahmen hat das eindrücklich gezeigt. Angesichts der künftigen Herausforderungen für die EU-Politik könnte die Finanzierungsbasis unzureichend werden - etwa in Hinblick auf die Finanzierung öffentlicher Güter wie Forschung und Verkehrsinfrastruktur, von Entwicklungszusammenarbeit und klimapolitischen Maßnahmen. Außerdem ist das bestehende Finanzierungssystem komplex und intransparent.