Mit Platz drei hinter US-Topfavorit Tom Danielson und dem Ukrainer Ruslan Podgornij stellte Pfannberger aber einmal mehr sein großes Talent unter Beweis. Als solches hatte der Steirer schon in den ersten Jahren seiner Profikarriere gegolten, bis ihn ein positiver Dopingtest nach Platz zwei bei den österreichischen Meisterschaften am 27. Juni 2004 in Großraming zwei Jahre kostete.
Bis heute ist die zweijährige Sperre umstritten, war die Probe, die ein Missverhältnis von Epitestosteron und Testosteron (Manipulation des Quotienten durch Einnahme des Referenzsteroids Epitestosteron) enthielt, Pfannberger doch nur über Umwege zugewiesen worden. "Das liegt in der Vergangenheit und mit der habe ich abgeschlossen", betonte der Betroffene, der erfolglos vor den Internationalen Sportgerichtshof (CAS) in Lausanne gezogen war.
Am 25. Juni kehrte Pfannberger mit Platz sieben bei den Staatsmeisterschaften zurück. Drei Tage später gewann der gebürtige Judenburger, der in Mödling wohnt, bei der Bergmeisterschaft sein erstes Rennen nach der Dopingsperre, um nur eine Woche danach mit einem Solosieg auf dem Kitzbüheler Horn den größten Erfolg seiner Laufbahn zu landen.
Sein Triumph bei der schwersten Bergankunft sorgte für Kontroversen, nachdem unter anderem Glomser seine Verwunderung über die Leistungsexplosion öffentlich kundgetan hatte. Laut Angaben seiner Mannschaft Elk Haus werde Pfannberger seit seiner Wiederanmeldung mit 1. Jänner 2006 allerdings öfter kontrolliert als jeder andere österreichische Profi.