Pinochet behauptete während des Verhörs, über die der Geheimpolizei angelasteten Verbrechen "nicht informiert" gewesen zu sein. Dagegen sagte Contreras' Anwalt, Juan Carlos Mans, der damalige Staatschef und Oberbefehlshaber des Heeres habe als Vorgesetzter des Geheimdienstchefs den DINA-Agenten die Befehle erteilt, die diese im "schmutzigen Krieg gegen die Subversion" befolgten. Contreras verbüßt derzeit eine zwölfjährige Haftstrafe im Zusammenhang mit der Verschleppung des MIR-Kämpfers Miguel Angel Sandoval durch DINA-Agenten 1975. Die DINA (später in CNI umbenannt) wird für das "Verschwindenlassen" von insgesamt etwa 3000 Menschen und für die Misshandlung von 25.000 Menschen während Pinochets Militärherrschaft zwischen 1973 und 1990 verantwortlich gemacht.
Mordanschlag auf Ex-Außenminister
Contreras wird auch für den Mordanschlag auf den ehemaligen Außenminister Orlando Letelier 1976 in Washington verantwortlich gemacht. Letelier, der unter dem sozialistischen Präsidenten Salvador Allende Anfang der siebziger Jahre zunächst das Außenministerium, dann das Innen- und das Verteidigungsministerium geleitet hatte, war nach dem blutigen Militärputsch vom September 1973 interniert und gefoltert worden. Unter internationalem Druck musste das Militärregime dem Politiker, der auch Botschafter seines Landes in den USA gewesen war, die Ausreise gestatten. Letelier emigrierte daraufhin in die USA, wo er am 21. September 1976 einem Bombenanschlag zum Opfer fiel.
Eine frühere DINA-Geheimagentin, Luz Arce Sandoval, hat in einem Bericht die Folterpraktiken von General Contreras ausführlich geschildert. Zu den von ihr beschriebenen Methoden gehörten nicht nur Folterungen mit elektrischen Stromstößen und Vergewaltigungen schwangerer Frauen, sondern auch Schläge bis hin zum Tod der Gefolterten sowie das Vierteilen von Oppositionellen.