Im Verlauf der Offensive wurden nach Angaben der Haager Ankläger mindestens 150 serbische Zivilisten getötet. Einige hundert weitere seien noch immer vermisst gemeldet. Mehrere zehntausend seien in die Flucht getrieben worden. Im Februar 2004 veröffentlichte das Tribunal die Anklagepunkte gegen Gotovina: Es legt ihm Verfolgung aus politischen, ethnischen und religiösen Motiven zur Last, zudem noch Mord, Vertreibung, Plünderung und Verletzung des Kriegsrechts.
Die "Operation Sturm" besiegelte das Ende der selbst proklamierten "Serbischen Republik Krajina", die zeitweise bis zu einem Drittel des kroatischen Staatsgebiets kontrollierte und dabei von der serbischen Führung in Belgrad unterstützt wurde. Nach UN-Angaben wurden im Verlauf des Kriegs 280.000 Serben aus Kroatien vertrieben. Bis heute sind die meisten von ihnen nicht zurückgekehrt.