Nach US-Medienberichten soll der als ultrakonservativ geltende Negroponte unter der Präsidentschaft von Ronald Reagan (1981-89) Berichte über Entführungen, Folter und Morde durch vom US-Geheimdienst CIA ausgebildete Todesschwadronen unterschlagen haben, um die US-Militärhilfe für die Machthaber nicht zu gefährden.
Illegale Finanzierung
Negroponte soll als Botschafter in Tegucigalpa geheime Regierungsaufträge umgesetzt und die illegale Finanzierung der Contra-Milizen über Honduras mit eingefädelt haben. Aus dieser Zeit stammt auch Negropontes (inoffizieller) Spitzname "Death Squad" ("Todesschwadron").
Zwischen 1979 und 1989 verschwanden im Zuge der CIA-Operationen zahlreiche Menschen in Honduras. Negroponte überwachte unter anderem die Errichtung der Luftwaffenbasis "El Aguacate", auf der Contras ausgebildet wurden. Im August 2001 wurden auf dem Gelände des Stützpunkts 185 Leichen ausgegraben.
Folter
Nach den Worten des Menschenrechtsbeauftragten der Regierung von Honduras, Ramon Custodio, wurden Gefangene mit Kapuzen, Elektroschocks und Schlägen traktiert. Die britische Zeitung "The Guardian" berichtete, die im Irak angewandten Foltermethoden stammten aus einem alten Handbuch des US-Geheimdienstes CIA für Honduras.
Menschenrechtsverletzungen
Die "Los Angeles Times" schrieb über Negroponte (Ausgabe 20. April 2004): Er müsse sich nach wie vor von "der dunklen Wolke des Verdachts", die seit seiner Zeit als Botschafter in den Jahren 1981-1985 über ihm hänge, lösen. Seit zwanzig Jahren habe Negroponte die Anschuldigungen, gegen sich nicht zerstreuen können, dass er die Menschenrechtsverletzungen der Todesschwadronen kleingeredet habe, damit das Land (Honduras) als Basis für den von den USA unterstützten Kampf der Contras diene.
Der an der Yale-Universität ausgebildete Negroponte, Adoptivvater von fünf Kindern, war unter anderem auch Botschafter in Mexiko - wo er der Repression der Zapatisten-Erhebung sein ganz spezielles Augenmerk schenkte - und auf den Philippinen.
Drei Jahre lang war Negroponte US-Botschafter bei den Vereinten Nationen. Der Sohn eines griechischen Reeders musste dabei gegenüber der widerspenstigen Mehrheit im Sicherheitsrat den rigorosen Irak-Kurs seines Präsidenten verfechten.