Das
Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie (IMP)
in Wien hat einen neuen Supercomputer für Bioinformatik
erhalten - laut IMP der größte für derartige Zwecke in Österreich und
einer der größten in Europa. Die neue Anlage ist ausschließlich
bioinformatischen Anwendungen vorbehalten. Als Beispiele dafür nannte
Frank Eisenhaber, Leiter der Bioinformatik-Gruppe am IMP, am Mittwoch
in einer Aussendung die Vorauswahl von Genen nach komplexen Kriterien
zur späteren experimentellen Analyse, die Vergleiche von ganzen
Genomen unterschiedlicher Arten oder die regelmäßig erneuerte
Funktionsvorhersage für Tausende bisher nicht charakterisierte Gene.
140 Prozessoren
Der neue Computercluster umfasst 140 Prozessoren der
Opteron-Klasse (64bit Verarbeitungsbreite und 2,2 Gigahertz
Taktfrequenz), etwa 500 Gigabyte Hauptspeicher und sieben Terabyte
Plattenspeicher. Zusätzlich gibt es spezialisierte, um den Faktor 100
beschleunigte Prozessorensets speziell für Mustervergleiche in
Sequenzen. Ein großer Teil der Hardware kommt von der Firma Sun
Microsystem, die mit dem IMP im Rahmen eines virtuellen "Center of
Excellence" für Bioinformatik zusammenarbeitet.
Unterstützt wurde die Investition von deutlich mehr als einer
halben Million Euro in erster Linie durch die Firma
Boehringer-Ingelheim, den Hauptsponsor des IMP. Der neue
Supercomputer wird auch den Forschern der benachbarten biologischen
Institute der Universität Wien und des Instituts für Molekulare
Biotechnologie (IMBA) der Akademie der Wissenschaften zugänglich
sein.
High-Throughput Technologien
Die Erfolge der letzten Jahre und neue Entwicklungen von so
genannten High-Throughput Technologien, wie das Sequenzieren von
Genomen oder das simultane Messen der Aktivitäten vieler Gene
(Expressionprofiling) haben die Bioinformatik zu einem untrennbaren
Bestandteil der biologischen und medizinischen Forschung gemacht. So
wurden durch die Bioinformatik bisher unbekannte Enzymaktivitäten auf
der Basis sequenzanalytischer Berechnungen vorhergesagt und erst
anschließend experimentell bestätigt, beispielsweise das von der
Gruppe um IMP-Chef Kim Nasmyth entdeckte Eco1 Acetyltransferase, ein
Enzym, das kleine Molekülgruppen überträgt und ein wichtiger
Regulator der Zellteilung ist.(APA)