Der Teilrepublik Kroatien wurde nicht nur ganz Dalmatien, ausgenommen die nun montenegrinische Bucht von Kotor / Cattaro, einverleibt; infolge des Friedensvertrags mit Italien hatte sie große Gebietsgewinne verzeichnet: Istrien einschließlich Rijeka / Fiume, die ebenfalls 1918 von Italien gewonnenen Inseln Cres / Cherso, Losinj / Lussin und Lastovo / Lagosta sowie die dalmatinische Stadt Zadar / Zara. Zu der katholischen Kirche, deren Repräsentanten zum Teil das Ustascha-Regime unterstützt hatten, bestand ein gespanntes Verhältnis. Der Zagreber Erzbischof Alojzije Stepinac, der zwar zu Pavelic Distanz gehalten hatte, aber gegen die Verstaatlichung der Kirchengüter protestierte und Titos Wunsch ablehnte, eine von Rom unabhängige kroatische Nationalkirche zu gründen, wurde 1946 zu 16 Jahren Zwangsarbeit verurteilt, allerdings 1951 zu Hausarrest begnadigt.
Der Konflikt mit Stalin, dessen Bevormundung sich Tito entzog, forderte auch in Kroatien seine Opfer. Stalinisten oder Leute, die in den innerparteilichen Machtkämpfen als solche ausgegeben wurden, kamen auf die kahle KZ-Insel Goli otok. Der populäre frühere kroatische Partisanenführer und spätere Minister Andrija Hebrang kam im Gefängnis durch einen vermutlich inszenierten "Selbstmord" ums Leben.
Die Jahre nach dem Bruch mit Moskau brachten das Ende der Kollektivierung, das jugoslawische Modell des Selbstverwaltungssozialismus und die stärkere Berücksichtigung des Föderalismus, der auch innerhalb der Parteistruktur Niederschlag fand. In Kroatien suchte man sich im Zuge der Liberalisierung immer mehr von serbischer Dominanz zu lösen. Sprachwissenschafter und Literaten erhoben 1967 den Vorwurf, dass die Vereinbarung über die Gleichberechtigung der serbischen und kroatischen Variante des Serbokroatischen nicht eingehalten werde. Dann erschienen in der Zeitschrift "Kritika" Klagen über Benachteiligungen Kroatiens und Sorgen über die Zurückdrängung der Kroaten in Bosnien. Als der von Kroatien ins Bundesparlament entsandte frühere Kultusminister Milos Zanko dies als nationalistische Abweichung verurteilte, setzte ihn die kroatische Parteiführung ab. Der so von Intellektuellen initiierte, vom liberalen KP-Flügel unterstützte "kroatische Frühling" versuchte, 1971 die verfassungsmäßige Verankerung von mehr Rechten der Teilrepubliken durch Forderungen auszuloten, die bis zu einem eigenen UNO-Sitz für Kroatien (nach dem sowjetischen Vorbild der Ukraine) gingen. Nach einigen Monaten beendete Tito zusammen mit den Konservativen in der kroatischen KP den "Frühling" durch ein Machtwort und durch die Verhaftung einiger von dessen prominenten Vertretern; Studentendemonstrationen wurden niedergeknüppelt.
Am 4. Mai 1980 schloss der greise Marschall für immer die Augen, und es zeigte sich bald, dass es keinen Nachfolger gab, dessen Autorität Jugoslawien zusammengehalten hätte. Die für diesen Fall vorgesehene "kollektive Führung" mit der alternierenden Besetzung der Staatsspitze durch den jeweiligen Chef einer Teilrepublik und auch der beiden autonomen Gebiete erwies sich als Flop. Die tiefe Wirtschaftskrise, in die Jugoslawien geraten war, wurde zur Staatskrise. Slowenien und Kroatien sahen sich, sozusagen als "Nettozahler", von den wirtschaftsschwachen übrigen Republiken ausgebeutet. Slobodan Milosevic, seit 1989 serbischer Staatspräsident, ersetzte die im Zeichen der allgemeinen Wende madig gewordenen kommunistischen Parolen durch einen aggressiven serbischen Nationalismus. Sollten sich die allenthalben auftretenden zentrifugalen Kräfte durchsetzen, so wollte er Serbien einen möglichst großen Anteil sichern. So trug er dazu bei, dass bereits Anfang 1989 die Serben auf dem Gebiet Kroatiens auf Abspaltungskurs gingen und später die "Serbische Republik Krajina" ausriefen. Als Milosevic die Autonomie des Kosovo, die den Albanern nahezu gleiche Rechte sicherte wie den Teilrepubliken, aufhob, sahen Slowenien und Kroatien darin ein Signal für Belgrads Absicht, die föderale Struktur zu zerstören. Nach Slowenien führte auch Kroatien Ende April 1990 freie Wahlen durch, aus denen die "Kroatische Demokratische Gemeinschaft" (HDZ) unter Franjo Tudjman die Reformkommunisten mit 55 von 80 Sitzen im Sabor weit hinter sich ließ. Tudjman war Partisan und dann General gewesen, schied aber 1961 aus dem Dienst der Armee aus, um in Zagreb ein "Institut der Geschichte der Arbeiterbewegung" aufzubauen. Als seine Untersuchungen die bisher behaupteten Zahlen der Opfer des Ustascha-Regimes nach unten revidierten, fiel er in Ungnade. Nunmehr wurde er zur Leitfigur eines nationalen Aufbruchs der Kroaten.
Nachdem Milosevic eine Umgestaltung Jugoslawiens in eine Konföderation souveräner Republiken abgelehnt hatte, erklärten Slowenien und Kroatien am 25. Juni 1991 ihre Unabhängigkeit. Das Eingreifen der serbisch dominierten Bundesarmee in Slowenien scheiterte, in Kroatien begannen Armee und Freischärler einen oft mit brutalsten Mitteln geführten Krieg. So wurde die Barockstadt Vukovar fast völlig zerstört, und die belagerte Adriastadt Dubrovnik lag monatelang unter serbischem Artilleriebeschuss. Deutschland erkannte Kroatien am 23. Dezember 1991 an, in den Wochen darauf folgten etliche andere Staaten, und unter Mitwirkung der UNO wurde ein Waffenstillstand geschlossen. In dem im April 1992 ausgebrochenen Krieg in Bosnien unterstützten die Kroaten zunächst die Bosniaken, weil die Einverleibung des von Serbien beanspruchten, bereits eroberten Gebiets auch die Abtrennung der Krajina bedeutet hätte.
Teilungspläne für Bosnien führten zur Ausrufung der kroatischen Republik Herceg-Bosna und zum "Bürgerkrieg im Bürgerkrieg" zwischen Kroaten und Muslimen. Der Ausbau der kroatischen Armee ermöglichte im Mai 1995 die Militäraktionen "Blitz" und "Gewittersturm", durch die Westslawonien und die Krajina zurückerobert wurden; die serbische Bevölkerung flüchtete oder wurde vertrieben.
Das Eingreifen der USA nach dem Massaker im bosnischen Srebrenica und dem Feuerüberfall auf den Marktplatz von Sarajewo führte schließlich zur Erhaltung von Bosnien-Herzegowina als Staat bei gleichzeitiger Zweiteilung in eine Serbische Republik und eine Bosniakisch-Kroatische Föderation.