Der Ursprung der Verstümmelungspraxis lässt sich nicht genau nachweisen. Er wird in der Antike bei vorislamischen und vorchristlichen Traditionen vermutet. Es wird angenommen, dass das Ritual in Afrika erfunden worden ist, von arabischen Eroberern und später von islamischen Gruppen übernommen worden sei. Hier gehen jedoch die Theorien auseinander.
Elizabeth Gould Davis berichtet von einer islamischen Legende, nach der Hagar, Abrahams Geliebte und Ismaels Mutter, das erste Opfer der weiblichen Beschneidung war. "Möglicherweise", schreibt Gould Davis, "war das eine semitische Neuerung, da die Araber ihre begeisterten Anhänger wurden und noch sind. 'sohn einer unbeschnittenen Mutter' ist das schlimmste Schimpfwort, mit dem ein Araber einen anderen belegen kann".
Strabo schreibt in seiner "Geographie", dass das pharaonische Ägypten bereits durch klitorale Ausschneidung (Abschneiden von Klitoris und Schamlippen) gekennzeichnet war. Die Untersuchung weiblicher königlicher Mumien hätte ergeben, dass diese Frauen der höchsten Kaste Ägyptens "ausgeschnitten" waren. Huelsmann merkte an, dass im Alten Ägypten die Operation an den weiblichen Genitalien im Alter zwischen vierzehn und fünfzehn ausgeführt wurde und "wahrscheinlich sogar die amourösen Abenteuer der Cleopatra SANS Klitoris" stattgefunden hätten. Diese Meinung vertritt auch Shandall: Diese Art der Verstümmelung sei in Ägypten auf weibliche Angehörige von Herrschern und Priestern beschränkt gewesen. Er vermutet, dass diese Frauen keine Erbschaften antreten durften, wenn sie nicht beschnitten waren.