Von 1526 an, als der Habsburger Ferdinand I. als Gatte der Erbtochter Anna zum böhmischen König gekrönt wurde, bis zum Jahr 1918 waren Böhmen und Österreich in einem Reich vereinigt. Während die Anerkennung des neuen Herrschers in Mähren, Schlesien und der Lausitz problemlos erfolgte, beharrten die böhmischen Stände nach kontroversiellen Beratungen darauf, dem Habsburger aus freien Stücken und nicht aufgrund der Erbfolge ihre Zustimmung erteilt zu haben. Erst 1545, nachdem ein verheerender Brand in der Prager Burg die meisten Landtafeln (Grundbücher) und Urkunden vernichtet hatte, bestätigte der Landtag im Tausch gegen Ferdinands Anerkennung nicht mehr beweisbarer Rechte die Erbfolge der Dynastie. Das erste Jahrhundert der habsburgischen Herrschaft war gekennzeichnet durch den Konflikt zwischen dem von den Herrschern begünstigten Katholizismus und den verschiedenen Reformströmungen, unter welchen die hussitischen Utraquisten in der tschechischen Bevölkerung die große Mehrheit hinter sich hatten. Auch der böhmische Adel war mehrheitlich utraquistisch. In den Streitigkeiten zwischen den Ständen und dem König, in dem der Adel seine überkommenen Rechte gegen die zentralistischen Ansprüche des Herrschers verteidigte, spielte die Religion auf beiden Seiten oft nur den Vorwand für eigensüchtige Interessen. Vor allem ging es Ferdinand und seinen Nachfolgern um die Sicherung der Steuern insbesondere für die Verteidigung seines Reiches gegen die Türken, daneben auch zur Abdeckung der hohen Schuldenlast, die die Jagiellonen hinterlassen hatten. Daraus ergab sich eine gewisse Nachgiebigkeit der Habsburger in konfessionellen Fragen in Zeiten, in denen Türkenkriege geführt wurden, während in friedlicheren Jahren der gegenreformatorische Druck verschärft wurde. Ein Teil des utraquistischen Adels, der nur noch auf der Kommunion in zweierlei Gestalt beharrte, näherte sich der römischen Kirche an; der Reformflügel hingegen fand zunehmend Gemeinsamkeiten mit dem sich von Deutschland ausbreitenden Luthertum. Als Ferdinand sich mit einem Aufgebot am Krieg seines Bruders Kaiser Karl V. gegen den protestantischen Schmalkaldischen Bund beteiligte, versuchten die reformutraquistischen Adeligen und Städte die Habsburgerherrschaft abzuschütteln, doch die Niederlage der Schmalkaldener (1547) vereitelte dies. Die rebellischen Städte wurden durch Aberkennung ihrer Privilegien und eine "ewige Biersteuer" bestraft. Ein königstreues Adelsgericht verurteilte zehn Herren und Ritter zum Tode, andere zu Güterverlust. Ferdinand erließ ein Verbot gegen die Gemeinden der Böhmischen Brüder, die die Bergpredigt wörtlich befolgten und ihren Angehörigen Eide, Kriegsdienste und Übernahme von Staatsämtern verboten. Viele flüchteten nach Polen und Brandenburg; als Mährische Brüder konnten sie sich noch in Mähren erhalten, wo Ferdinand nicht so streng vorging, weil sich hier Adel und Städte nicht an der Rebellion beteiligt hatten. In Prag wurde ein Jesuitenkollegium gestiftet, das die Rekatholisierung Böhmens betrieb, und 1562 bekam die Stadt wieder - erstmals seit 1421 - einen katholischen Erzbischof. Die Durchsetzung des im Augsburger Religionsfrieden beschlossenen Grundsatzes "cuius regio, eius religio" ("Wes des Land, des die Religion") gelang Ferdinand, der 1555 seinem Bruder als Kaiser nachgefolgt war, jedoch nicht. Er starb 1564. Ferdinands toleranter Sohn Maximilian II. (in Böhmen I.) fand sich bereit, wenigstens mündlich einer vom utraquistisch-protestantischen Adeligen vorgelegten "Confessio Bohemica" zuzustimmen, die den Herren und Rittern größere Rechtssicherheit gab. Zu ihr bekannten sich der ganz überwiegende Teil der Bevölkerung der böhmischen Länder, der nichtkatholische Adel in Böhmen hielt fünf Sechstel der Sitze im Landtag - dennoch hatte schon Ferdinands Politik für den bestimmenden Einfluss der Katholiken in der Landes- und Finanzverwaltung gesorgt. Mit 24 Jahren bestieg Maximilians Sohn Rudolf II. 1576 den deutschen und den böhmischen Thron. In Spanien erzogen, galt er als überzeugter Katholik, doch wurde seine Entscheidungskraft schon früh durch ein seine okkultistischen Neigungen förderndes Gemütsleiden eingeschränkt; auch blieb er unverheiratet. Böhmen fühlte sich geehrt, dass Rudolf 1582 seine Residenz von Wien nach Prag verlegte, das so wieder, wie schon unter Karl IV., Hauptstadt des Heiligen Römischen Reiches wurde. Freund der Wissenschaft und der Künste, zog Rudolf Gelehrte wie Tycho Brahe und Johannes Kepler an seinen Hof und verwendete große Summen für seine Bautätigkeit. In seiner Haltung gegenüber den Ständen schwankend, bevorzugte er mitunter sogar Utraquisten als Vertraute, beugte sich aber dem Druck des päpstlichen Nuntius und der regen Rekatholisierungsmaßnahmen der Jesuiten. Die Untätigkeit des Kaisers gegenüber den Gefahren eines neuen Türkenkriegs und eines Aufstands in Ungarn führte schließlich zum "Bruderzwist", in welchem Rudolf die Herrschaft über Österreich, Ungarn und Mähren seinem Bruder Matthias überlassen musste; Böhmen und Schlesien hingegen waren ihm treu geblieben. Nachdem Matthias den Mährern Religionsfreiheit garantiert hatte, nutzte auch der böhmische Adel die Schwäche des Herrscherhauses: Rudolf musste in einem "Majestätsbrief" die "Confessio Bohemica" ohne Einschränkung, einschließlich der Erlaubnis des Baus neuer Gotteshäuser und Schulen, anerkennen. Matthias, der Rudolf 1611 auch in Böhmen folgte, bestätigte zunächst den Majestätsbrief. Dann aber versuchte er immer stärker, die Ständemacht und die nichtkatholischen Konfessionen zurückzudrängen. Zum Eklat kam es, als der Prager Erzbischof die Schließung einer auf Benediktinerboden stehenden protestantischen Kirche im ostböhmischen Braunau/ Broumov und den Abriss eines Bethauses in Klostergrab (nördlich von Dux) verfügte (1617). Als der Kaiser Beschwerdebriefe zurückwies, kam es in Prag zum Aufruhr. Am 23. Mai 1618 stürmten zahlreiche Demonstranten in die Burg und warf zwei besonders verhasste der zehn königlichen Statthalter, Martinic und Slavata, sowie den Landtafelschreiber Fabricius, aus dem Fenster. Dieser Prager Fenstersturz löste den Dreißigjährigen Krieg aus. Er sollte sowohl für Böhmen als auch für das gesamte Reich tragische Folgen haben. (DER STANDARD, Print-Ausgabe, 25./26.8.2001)