Bei der Katastrophe waren am 1. Juli 2002 eine Tupolew der Fluglinie mit 69 Menschen an Bord und eine Fracht-Boeing mit zwei Piloten in elf Kilometer Höhe kollidiert und in der Nähe des Bodensees abgestürzt.
Die Flugüberwachung im süddeutschen Raum sei zum Unglückszeitpunkt zwar in den Händen der Schweizer skyguide gelegen, argumentiere Bashkirian Airlines. Die Bundesrepublik hafte aber für deren Versäumnisse wie personelle Überlastung beziehungsweise Unterbesetzung der Fluglotsen und mangelnde technische Ausrüstung.
skyguide war im Bericht der Bundesstelle für Flugunfalluntersuchungen (BFU/Braunschweig) eine Mitschuld an dem Unglück gegeben worden. Mit der Klage bei der 4. Zivilkammer des Landgerichts wolle die Fluggesellschaft in erster Linie Schadenersatz für ihre Maschine in Höhe von gut 3,3 Millionen US-Dollar (rund 2,7 Millionen Euro) erreichen, teilte das Gericht mit. Überdies möchte sie von Ersatzansprüchen Dritter, etwa den Opferfamilien, freigestellt werden. Sollte es in dem Rechtsstreit zu einer mündlichen Verhandlung kommen, dann frühestens in diesem November.
Ein weiteres Gerichtsverfahren läuft in der Schweiz. Dort haben 30 Hinterbliebene Schadenersatzklage gegen skyguide eingereicht. 41 Opferfamilien haben bereits Schmerzensgeld erhalten. Dafür haben die Flugsicherung, Deutschland und die Schweiz einen Fonds gebildet.