MedAustron wird sich einer relativ neuen Technologie bedienen. In einem kreisförmigen Beschleuniger werden Wasserstoff- und Kohlenstoff-Kerne auf hohe Energien gebracht und dann an vier Therapieplätzen dazu eingesetzt, Tumoren zu bestrahlen.
Im Gegensatz zu den herkömmlichen Bestrahlungsmethoden entfalten die Strahlen aus Wasserstoff- oder Kohlenstoffkernen ihre Wirkung besonders dort, wo sie sollen - nämlich im Tumor - während das umliegende, gesunde Gewebe geschont wird.
Im Endausbau sind vier medizinische Behandlungsplätze geplant, zwei Arbeitsplätze sind der biologischen und physikalischen Forschung vorbehalten. Im derzeit geplanten Zwei-Schicht-Betrieb könnten damit rund 1200 Patienten pro Jahr behandelt werden.