Fast ein Jahr haben die Verhandlungen über die Föderalismusreform gedauert. Das Ziel lautete, die Beziehungen zwischen Bund und Ländern neu zu regeln. Stoiber sprach "vom größten Umbau in den vergangenen 30 Jahren und wohl auch noch für die nächsten 30 Jahre". Es galt Fragen zu klären wie jene, wer für die Bezahlung der Beamten zuständig sei und welche Gesetze noch durch den Bundesrat (Länderkammer) müssten. Auf die meisten Fragen fanden die Verhandlungsführer, Stoiber und SPD-Chef Franz Müntefering, eine Antwort.
Die wichtigsten Punkte: Der Anteil der Gesetze, denen der Bundesrat zustimmen muss, soll von derzeit rund 60 auf 35 Prozent reduziert werden. Damit wird die Blockademöglichkeit der Opposition, die in der Länderkammer zurzeit die Mehrheit hat, eingeschränkt. Einigkeit herrscht auch bei der Übernahme des EU-Stabilitätspakts in das Grundgesetz. Die Länder werden sich bei Verletzung der Defizitobergrenze zu einem Drittel auch an möglichen Strafzahlungen beteiligen. Als Vorbild galt hier Österreich, wo es auch eine Vereinbarung zwischen Bund und Ländern zum Stabilitätspakt gibt.
Der Bund gibt auch die Zuständigkeit für die Beamtenbesoldung an die Länder ab. In die Kompetenz der Länder geht unter anderem auch der Ladenschluss über, was zu unterschiedlichen Geschäftsöffnungszeiten in Deutschland führen wird. Die Länder werden künftig auch für den Strafvollzug zuständig sein. Dies wird von Experten bereits heftig kritisiert, die eine unterschiedliche Praxis in der Bundesrepublik befürchten.
Der Bund soll im Gegenzug allein für das Atomrecht - damit auch für die AKW-Aufsicht - zuständig sein. In die alleinige Gesetzgebungskompetenz des Bundes sollen auch noch Waffen- und Sprengstoffrecht fallen.