Miller hat sich geweigert, einem Gericht die Quellen einer Story bekannt zu geben, in der es um die Enttarnung der CIA-Agentin Valerie Plame durch den konservativen Journalisten Bob Novak geht. Novak meinte, er habe seine Informationen direkt von der Bush-Regierung "gesteckt" bekommen. Miller hat zwar über den Fall berichtet, aber keine eigenen Recherchen angestellt.
In Washington wird es von vielen als Ironie empfunden, dass ausgerechnet Miller nun als Märtyrerin für die Freiheit der Presse in die Mediengeschichte eingehen könnte. Denn es war Miller, die vor dem Irakkrieg in der "New York Times" immer wieder von der Existenz von Massenvernichtungswaffen geschrieben hatte. Dabei unterschied sie sich kaum von der Bush-Regierung, denn sie stützte ihre Erkenntnisse auf die gleichen Informationen, die dem Weißen Haus zur Verfügung standen - allen voran von dem dubiosen Exiliraker Ahmed Chalabi.
2002 berichtete sie über Metallrohre, die sich auf dem Weg in den Irak befänden und meinte kategorisch, diese könnten nur zur Herstellung von nuklearem Material verwendet werden - was sich als Ente entpuppte. Aber schon am nächsten Tag nahmen sowohl die Nationale Sicherheitsberaterin Condoleezza Rice, Außenminister Colin Powell und Verteidigungsminister Donald Rumsfeld ihren Artikel als einen weiteren Beweis dafür, dass es nötig sei, im Irak einzumarschieren.
Im Mai 2004 musste die "New York Times" ein "mea culpa" publizieren: Man habe sich allzu sehr auf Chalabi und andere Exiliraker verlassen und hätte umstrittene Informationen unwidersprochen gelassen. Die "Times" nannte keinen Journalisten namentlich, aber es war ein Leichtes, festzustellen, dass zehn der betreffenden Artikel von Miller stammten. Für ihre Berichterstattung über Osama Bin Laden und Al-Kaida hatte sie 2001 den Pulitzerpreis erhalten.