Neuer Supercomputer für Bioinformatik am Wiener IMP

8. September 2004, 12:47
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Ausschließlich für bioinformatische Anwendungen - Auch für Uni- und Akademie-Institute zugänglich

Wien - Das Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie (IMP) in Wien hat einen neuen Supercomputer für Bioinformatik erhalten - laut IMP der größte für derartige Zwecke in Österreich und einer der größten in Europa. Die neue Anlage ist ausschließlich bioinformatischen Anwendungen vorbehalten. Als Beispiele dafür nannte Frank Eisenhaber, Leiter der Bioinformatik-Gruppe am IMP, am Mittwoch in einer Aussendung die Vorauswahl von Genen nach komplexen Kriterien zur späteren experimentellen Analyse, die Vergleiche von ganzen Genomen unterschiedlicher Arten oder die regelmäßig erneuerte Funktionsvorhersage für Tausende bisher nicht charakterisierte Gene.

140 Prozessoren

Der neue Computercluster umfasst 140 Prozessoren der Opteron-Klasse (64bit Verarbeitungsbreite und 2,2 Gigahertz Taktfrequenz), etwa 500 Gigabyte Hauptspeicher und sieben Terabyte Plattenspeicher. Zusätzlich gibt es spezialisierte, um den Faktor 100 beschleunigte Prozessorensets speziell für Mustervergleiche in Sequenzen. Ein großer Teil der Hardware kommt von der Firma Sun Microsystem, die mit dem IMP im Rahmen eines virtuellen "Center of Excellence" für Bioinformatik zusammenarbeitet.

Unterstützt wurde die Investition von deutlich mehr als einer halben Million Euro in erster Linie durch die Firma Boehringer-Ingelheim, den Hauptsponsor des IMP. Der neue Supercomputer wird auch den Forschern der benachbarten biologischen Institute der Universität Wien und des Instituts für Molekulare Biotechnologie (IMBA) der Akademie der Wissenschaften zugänglich sein.

Bioinformatik unverzichtbar für medizinische Forschung

Die Erfolge der letzten Jahre und neue Entwicklungen von so genannten High-Throughput Technologien, wie das Sequenzieren von Genomen oder das simultane Messen der Aktivitäten vieler Gene (Expressionprofiling) haben die Bioinformatik zu einem untrennbaren Bestandteil der biologischen und medizinischen Forschung gemacht. So wurden durch die Bioinformatik bisher unbekannte Enzymaktivitäten auf der Basis sequenzanalytischer Berechnungen vorhergesagt und erst anschließend experimentell bestätigt, beispielsweise das von der Gruppe um IMP-Chef Kim Nasmyth entdeckte Eco1 Acetyltransferase, ein Enzym, das kleine Molekülgruppen überträgt und ein wichtiger Regulator der Zellteilung ist.(APA)

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