Die Geschichte Kroatiens unter der Herrschaft der ungarischen Könige (1097-1526) stellt sich als ein verwirrendes Panorama dar - von wechselvollen Auseinandersetzungen mit Venedig um den Besitz der dalmatinischen Inseln und Küstenstädte, Streitigkeiten mit unbotmäßigen Adelsfamilien und schließlich Kriegen mit den über die Balkanhalbinsel herandrängenden Türken. Dennoch behielt Kroatien seine zwölf mit besonderen Privilegien ausgestatteten Adelsfamilien in den "pacta conventa" zugestandene Autonomie; die damit vereinbarte Personalunion sollte bis zum Jahr 1918 andauern.
Die Vereinigung mit dem ungarischen Königreich brachte auch eine Klärung über das Gebiet zwischen Save und Drau, ein lange umstrittenes Grenzland. Hier an der Save lag Zagreb, vom ungarischen König Ladislaus I. zum Bistum mit einem dem ersten König Ungarns, dem heiligen Stephan, geweihten Dom erhoben. Es wurde mit dem dort errichteten Palast des Bans, des obersten Würdenträgers und Vertreter des Königs, die Hauptstadt Kroatiens. (Der slawische Ortsname Zagreb bedeutet "am Graben", woraus das deutsche "Agram" abgeleitet wurde). Die ganze Region hieß damals noch Slawonien, das ursprüngliche Kroatien erstreckte sich vom rechten Ufer der Save nach Südwesten. Im Lauf der Zeit wurde nur noch der Landstrich östlich von Zagreb Slawonien genannt, dieses erstreckte sich zeitweise weit nach Osten, bis Syrmien im Mündungsgebiet der Save in die Donau. Sowohl Kroatien als auch Slawonien hatten zunächst eigene Landtage, 1558, schon unter Habsburg, wurden sie vereint, und das Land hieß offiziell Königreich Kroatien-Slawonien.
Dalmatien musste immer wieder gegen die Ansprüche der Venezianer verteidigt werden, es wurde aber auch, als die Mongolen Ungarn verheerten und bis an die Adriaküste vorstießen, zu einer Rückzugsbastion für König Bela IV., der sich vor dem anrückenden mongolischen Reiterheer auf die ihm ergebene Stadtinsel Trogir retten konnte (1242).
In diesem fern vom ungarischen Zentrum liegenden Gebiet waren kroatische Adelsfamilien, so die mächtigen Grafen von Bribir, oft darauf angewiesen, auf sich gestellt und natürlich auch zu eigenem Nutzen, gegen Venedig zu kämpfen. Die Herren von Bribir herrschten über Split und Trogir, den Venezianern Zadar/ Zara zu entreißen, gelang ihnen jedoch nicht; sie dehnten ihre Macht aber auch auf benachbarte bosnische Gebiete aus. Die Bribirer Grafen spielten nach dem Aussterben der ungarischen Arpaden auch erfolgreich die Königsmacher in Ungarn und verhalfen in den ausbrechenden Thronstreitigkeiten Karl von Anjou zur Stephanskrone. Dessen Sohn Ludwig konnte in einem nach Italien getragenen Krieg Venedig noch einmal zur Anerkennung der ungarischen Herrschaft über Dalmatien zwingen (1358). Aber als nach seinem Tod neue Wirren ausbrachen, aus denen schließlich der Luxemburger Sigismund (später auch römisch-deutscher Kaiser) als Sieger hervorging, fiel Dalmatien zunächst an Trvtko, der sich zum König von Bosnien - einem kurzlebigen Königreich - erhoben hatte; nach dessen Ableben konnte Venedig fast die gesamte kroatische Adriaküste für sich gewinnen und bis zum Ende der Dogenrepublik (1797) behaupten.
Inzwischen hatten die Osmanen den Bosporus überquert und mit der Unterwerfung der Balkanhalbinsel begonnen. In der Schicksalsschlacht auf dem Amselfeld, Kosovo Polje (1389) unterlagen mit den Serben auch die ihnen zu Hilfe geeilten kroatischen, bosnischen und albanischen Kräfte den Türken; auch König Sigismund konnte sie bei Nikopolis (1396) nicht aufhalten, und nach dem Fall Konstantinopels (1453) konsolidierte sich die Macht des Sultans in Bulgarien, Serbien und Bosnien. Zwar gelang es dem Ungarnkönig Matthias Corvinus, Kroatien vor dem Eindringen der Türken durch einen Gegenschlag in Bosnien zu schützen, aber die Gefahr war nun allgegenwärtig und verlangt starke Befestigungen, so auch von Zagreb. Ein kroatisches Ritterheer wurde 1493 bei Krbava, nahe den Plitvicer Seen, vernichtend geschlagen, der Ban, Emerik Derencin, der sich die offene Feldschlacht mit dem überlegenen Feind zugetraut hatte, wurde gefangen genommen. Nach der Schlacht flüchteten Tausende aus dem bosnischen Grenzgebiet nach Norden oder in die venezianischen Küstenstädte.
Nachdem die Türken auch Belgrad erobert hatten, stießen sie nach Ungarn vor. Bei Mohacs verlor der junge ungarische König Ludwig II. Schlacht und Leben (1526). Durch den mit den Habsburgern geschlossenen Erbvertrag wurde nun Ferdinand, Erzherzog von Österreich (und später Kaiser), König von Ungarn. Freilich war der größere Teil des Königreichs an die Türken gefallen. Ferdinand behielt nur "Oberungarn" (die Slowakei), einen westlichen Landstreifen und das um den größeren Teil von Slawonien beschnittene Kroatien. Dieses war fortan bis zum Jahr 1918 mit dem österreichischen Herrscherhaus verbunden.
Ferdinand setzte den Ausbau der Grenzbefestigungen gegenüber der bedrohlichen Türkenmacht mit großer Energie fort. Es entstand eine ganze Kette von Burgen, die die Abwehr neuer Kriegszüge der Osmanen, die 1529 bis Wien vorgestoßen waren und die Stadt einen Monat lang vergeblich belagert hatten, besser sichern sollten. Es erwies sich als zweckmäßig, die Grenzsicherung der Kompetenz des nun vereinten kroatisch-slawonischen Landtags und damit des sich gegen die aufzubringenden Finanzmittel sträubenden Adels zu entziehen. So entstand die "Militärgrenze", ein von der Adriaküste bis Siebenbürgen sich erstreckender schmaler Landstrich, der eine eigene militärisch-administrative Verfassung erhielt; erst 1873 ist sie völlig aufgehoben worden.
Im kroatischen Siedlungsgebiet richtete bereits Ferdinand I. ab 1535 drei "Kapitanate" in Ostslawonien ein, die er vor den Türken geflohenen Serben mit der Verpflichtung des Kriegsdienstes gegen den Sultan überließ. Daraus entwickelte sich die so genannte slawonische oder windische Grenze mit Varasdin als Sitz des Generalkommandos. Südwestlich davon lag die kroatische Grenze mit Karlstadt/Karlovac als Hauptquartier. Der Oberbefehl über beide lag beim Hofkriegsrat, erst in Graz, dann in Wien.