Scholten hatte 1992 den privat organisierten Filmtagen, die seit 1977 (in den Anfangsjahren in Velden und Kapfenberg, seit 1984 in Wels) abgehalten wurden, aufgehängt an einer Affäre um eine SS-Gedenktafel in Wels die Subventionen entzogen und ein neues Konzept eingefordert. Dabei setzten sich die vom Österreichischen Regieverband beauftragten Journalisten Joachim Riedl und Martin Schweighofer gegen den damaligen Film Tage-Leiter Reinhard Pyrker vom Österreichischen Film Büro durch.
Die erste Ausgabe der Diagonale ging dann von 1. bis 8. Dezember 1993 in Salzburg über die Bühne, machte im Anschluss aber auch in den Bundesländern Station. Die Organisation lief über die Austrian Film Commission (AFC). Schweighofer als AFC-Geschäftsführer hatte die Gesamtleitung des Projekts über, als Produktionsleiter fungierte übrigens Virgil Widrich. Ein aus fünf Experten der Filmbranche zusammen gesetztes unabhängiges Kuratorenteam erstellte das Programm. Erster für zwei Jahre bestellter künstlerischer Leiter wurde der Experimentalfilmer Peter Tscherkassky.
Der danach für 1995 und 1996 als Diagonale-Intendant bestellte damalige ORF-"Kunststücke"-Leiter Heinrich Mis trat bereits nach seiner ersten Saison wegen von ihm beklagter, die Leitungskompetenz betreffenden Unklarheiten zurück. Bemerkenswert aus heutiger Sicht der damalige Kommentar von Kunststaatssekretär Franz Morak (V): Seit die Welser Filmtage zur Diagonale geworden seien und in Salzburg stattfänden, gebe es Streitereien zwischen den Filmvermittlern, kritisierte der damalige ÖVP-Kultursprecher. Scholten solle nachdenken, ob sich der österreichische Film - gerade jetzt, wo er dabei sei, sich positiv zu entwickeln- "diese Zores leisten soll".
Die "Österreichischen Film Tage" fanden 1996 unter dem Namen "Film Fest Wels" zum letzten Mal statt. Für die Diagonale hingegen wurde eine neue Leitung ausgeschrieben, nach zweijähriger Pause übersiedelte das Festival 1998 unter der neuen Doppelintendanz von Constantin Wulff und Christine Dollhofer und mit neuem Konzept nach Graz. Wobei Dollhofer und Wulff sich gar nicht beworben hatten, sondern von einer eigens dazu eingesetzten Fachkommission als Leitungsteam angefragt wurden, nachdem das Ministerium alle zuvor eingereichten Konzepte abgelehnt hatte. Als Trägerverein des Festivals wurde das "Forum Österreichischer Film" gegründet, den Namen Diagonale stellte die AFC dem Kunstministerium zur weiteren Verwendung für das Festival zur Verfügung.
Erste heftige Reibungen zwischen der neuen Festival-Leitung und politischen Verantwortlichen wurden im "Wende"-Jahr 2000 ausgetragen. Nachdem die Intendanz eine im Katalog veröffentlichte Protesterklärung gegen die schwarz-blaue Regierung verfasst und eine filmische "Widerstands"-Leiste ins Programm aufgenommen hatte, stellte die steirische Landesregierung mit den Stimmen von FPÖ und ÖVP die Finanzierung des Großen Diagonale-Preises (damals umgerechnet 11.628 Euro) zurück. Erst nach Ende des Festivals und gegen die Stimmen der FPÖ wurde das Preisgeld nachträglich doch beschlossen.