Pizzaschachteln für Genomanalyse

14. September 2003, 20:26
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In der Bioinformatik spielt Parallel Computing eine entscheidende Rolle

Um die bei Genomsequenzierungen anfallenden enormen Datenmengen interpretieren zu können, sind Forscher auf Parallel Computing angewiesen. Darunter versteht man den gleichzeitigen Einsatz mehrerer Rechner für Aufgaben, deren Lösung mit nur einem zu lange dauern würde oder gar nicht möglich wäre. "In der Bioinformatik", so Zlatko Trajanoski, Leiter des Christian-Doppler-Labors für Genomik und Bioinformatik an der TU Graz, "spielt das Parallel Computing deshalb eine zentrale Rolle, weil die Aufgaben in diesem Bereich gut auf verschiedene Computer aufgeteilt werden können. Wenn man etwa ein großes Genom analysieren will, kann man es 'zerstückeln', indem man einzelne Abschnitte auf verschiedenen Computern berechnet und die Ergebnisse dann zusammenfasst."

Koppelung regulärer PCs

Konkret setzen die Grazer Bioinformatiker das Parallel Computing für ihre Suche nach jenen Genen ein, die für die Diagnose and Therapie von Diabetes und Adipositas (übermäßige Ansammlung von Fettgewebe im Körper) verantwortlich sind. Zu diesem Zweck nutzen sie alle drei bislang möglichen Formen des Parallel Computing: Die zur Zeit gängigste Methode ist die Koppelung regulärer PCs. "Aufgrund der immer billigeren PCs hat diese Variante einen relativ günstigen Preis", so Trajanoski. "Da man aber für jeden PC eine eigene Netzversorgung etc. benötigt, wird sie ab einem bestimmten Punkt ineffizient machen."

Deshalb hat die Grazer TU kürzlich einen Supercomputer gekauft, auf dem parallel auf 40 Prozessoren gerechnet werden kann. Diese zweite Variante des Parallel Computing ist teuer und kann nur von speziell ausgebildeten Fachkräften betrieben werden. Als dritte Möglichkeit wird das so genannte Pizzaschachtel-System angeboten: "Dabei werden", so Trajanoski, "PCs in der Form von Pizzaschachteln aufeinander gestapelt, wodurch die Systeme Platz sparender und leichter zu warten sind." Insgesamt stehen an der Grazer TU 124 Prozessoren mit 124 Gigabyte RAM (temporärer Speicher) im Dienste der Gen-Fahnder. (grido/DER STANDARD; Printausgabe, 9.9.2003)

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