Virtuelles Labor für Bioinformatik

1. Februar 2003, 20:14
posten

Das neue Integrationsnetzwerk Bioinformatik bietet der biologischen Forschungsgemeinschaft kostenlosen Zugang zu Hochleistungsrechnern und zu neuestem bioinformatischem Know-how.

Biowissenschafter und Informatiker leben in zwei sehr unterschiedlichen Forschungswelten. Dennoch können sie ohne einander nicht mehr sein. Zumindest die Biotechnologie ist spätestens seit ihren spektakulären Entwicklungssprüngen in den vergangenen Jahren auf informationstechnologisches Wissen und Equipment im höchsten Maß angewiesen. Wenn es etwa um das Verwalten und Analysieren der enormen Datenmengen aus DNA-Chips geht, stoßen die traditionellen molekularbiologischen Labors an ihre Grenzen, da meist nicht nur die nötigen Hochleistungsrechner, sondern auch das erforderliche Informatik-Know-how fehlen.

Um der biologischen Forschungsgemeinschaft in Österreich diese informationstechnologischen Hindernisse aus dem Weg zur räumen, wurde im Rahmen des Genforschungsprogramms GEN-AU (GENome Research in AUstria) das "Integrationsnetzwerk Bioinformatik" etabliert.

Seit Jänner 2003 entwickelt und bietet das zwischen Graz, Wien und Innsbruck gespannte Netz jene komplexen informationstechnischen Services, ohne die Genforschung nicht durchführbar ist. Ziel dieses mit 1,8 Millionen Euro für vorläufig drei Jahre vom Wissenschaftsministerium geförderten Projekts ist die Einrichtung eines virtuellen Labors, in dem interessierte Forscher über Browser an den von der Technischen Universität Graz zur Verfügung gestellten Super-Computern gratis ihre Berechnungen durchführen und die Methoden anwenden können, die in drei Arbeitsgruppen des Netzwerks entwickelt werden.

Die angebotenen wissenschaftlichen Dienst-leistungen sind vor allem auf jene Aufgaben und Daten zugeschnitten, die im Rahmen der GEN-AU-Projekte anfallen. Geforscht wird in drei Arbeitsfeldern, wobei es im informationstechnologischen Bereich vor allem um die Erfassung und Verarbeitung von Gen-Chip-Daten und die Entwicklung entsprechender Datenbanken geht. Die hier produzierten Daten werden von einer anderen Forschergruppe weiter untersucht, um den Genen mittels entsprechender Vorhersageprogramme eine Funktion (etwa den Transport von Glukose in der Zelle oder Ähnliches) zuordnen zu können. In einem dritten Schwerpunkt soll die Struktur von Proteinen und RNA durch Computermethoden analysiert werden. Dank intensiver Vorarbeiten stehen bereits wenige Wochen nach Projektstart Datenbanken zur Verwaltung von Gen-Chip-Daten sowie Software für deren Analyse und Visualisierung zur Verfügung.

Und wie funktioniert das Miteinander von Biowissenschaftern und Informationstechnologen in diesem interdisziplinären Projekt? "Es ist zweifellos eine Herausforderung, die von allen Beteiligten große Lernbereitschaft und Offenheit erfordert", ist der Bioinformatiker Zlatko Trajanoski überzeugt. "Während Biowissenschafter eher qualitativ denken, relativ einfache Modelle aber ein extrem komplexes Vokabular haben, denken die Informationstechniker stärker quantitativ und systemorientiert." Zu lösen sei das daraus resultierende Kommunikationsproblem nur durch eine solide Ausbildung in beiden Bereichen. "Solche Leute findet man allerdings kaum", weiß Trajanoski als Koodinator des Netzwerks und Leiter einer der Netz-Arbeitsgruppen aus eigener Erfahrung. "Deshalb haben wir zur Ausbildung des Nachwuchses auch spezielle Kurse und Seminarreihen für Dissertanten und Post-Docs organisiert."

Mit der Einrichtung von zwei Professuren für Bioinformatik (eine mit Informationstechnik, die andere mit Molekularbiologie als Schwerpunkt) will nun übrigens auch die Grazer TU der prekären Nachwuchssituation gegensteuern. (Doris Griesser/DER STANDARD, Print-Ausgabe, 1./2. 2. 2003)

Share if you care.